Die Gründerin von Omoto-kyo, Nao Deguchi (1837-1918), wurde als Nao Kirimura in Fukuchiyama, Kyoto geboren. Sie war das dritte Kind eines Zimmermannes. Zu dieser Zeit herrschte eine grosse Hungersnot, was dazu führte, dass die Eltern sich überlegten, das Kind auszusetzen. Naos Grossmutter aber war dagegen und so wurde das Kind behalten.

Naos Kindheit war nicht einfach: Der Vater war Alkoholiker und misshandelte seine Frau und die Kinder. Als er starb, Nao war damals neun Jahre alt, verarmte die Familie und Nao begann als Bedienstete zu arbeiten bis sie sechzehn war; dann unterstüzte sie die Mutter beim Garnspinnen. Im Gegensatz zum Vater wird die Mutter als fürsorglich und aufopfernd beschrieben.

Naos Tante, Yuriko, heiratete in die Deguchi-Familie in Ayabe ein, ihr Ehemann verstarb aber, bevor sie Kinder bekommen konnten. Die Ahnenverehrung war in Japan schon immer besonders wichtig und es gab dafür verschiedene Riten, welche von den Nachkommen durchgeführt wurden. Falls sie unterlassen würden, glaubte man, würden die verstorbenen Vorfahren sich rächen, indem sie Unheil über die Familie brächten. Daher war es wichtig, Kinder zu haben, welche die Ahnenverehrung weiterführen konnten, und so bat Yuriko ihre grosse Schwester, Naos Mutter Soyo, darum, Nao adoptieren zu dürfen, als Nao sechzehn war. Nao war damit aber sehr unzufrieden und kehrte nach einem halben Jahr zu ihrer Mutter zurück. Im Jahr darauf drohte Yuriko Nao damit, dass sie die Kirimuras nach ihrem Tod verfolgen würde, wenn Nao nicht wieder zu den Deguchis zöge, um deren Familie weiter zu führen. Am Abend des selben Tages nahm die Tante sich das Leben.

Zur selben Zeit wollte ein Mann aus der Gegend Nao heiraten und Nao schien selbst interessiert. Doch wurde sie schwer krank und entschied sich nach ihrer Besserung, mittlerweile 18 geworden, aus Furcht vor Yuriko zu den Deguchis zurück zu kehren. Diese adoptierten den 28-jährigen Toyosuke Shikata, einen Zimmermann, der fortan auf den Namen Masagoro Deguchi hörte. Nao und Masagoro heirateten bald darauf. Kurz nach der Hochzeit hatten sie ein angenehmes Leben, allerdings war Masagoro unbegabt im Umgang mit Finanzen, und so geriet die Familie in Armut. Dazu hatten sie für viele Kinder zu sorgen, elf insgesamt, von denen allerdings drei jung starben. Ihr jüngstes Kind, eine Tochter, die später das zweite spirituelle Oberhaupt von Omoto sein sollte, gebar Nao mit 46 Jahren.

1885 stürzte Masagoro von einem Dach und verletzte sich schwer, woraus eine Infektion resultierte, die sein Leben 1887 beendete.

1892 träumte Nao in der Nacht des Mondneujahres (Neujahr nach dem Lunisolarkalender), wie sie mehrere Götterpaläste und den Palast ihres Mannes besuchte. In den folgenden Nächten träumte sie Ähnliches. Als sie anfing, teilweise mit einer lauten, tiefen Stimme zu sprechen und sich eigenartig zu verhalten, befürchtete die Familie, sie wäre geisteskrank geworden. Doch tatsächlich soll sie vom Gott Ushitora no Konjin besessen worden sein, welcher bei Omoto-kyo der höchstverehrte ist. Andere Götter seien, so wird gelehrt, nur eine Ausdrucksform dieser Gottheit. Nao sei dieser Gottheit gegenüber allerdings zuerst misstrauisch gewesen und habe sogar versucht, sie auszutreiben. Auch hätten die zwei sich unterhalten; abwechselnd sprach Nao mit ihrer ruhigen Stimme und Ushitora no Konjin mit lauten Ausrufen. Der Gott behauptete dabei, die Welt neu aufbauen zu wollen. Sein erstes Einfahren in Nao gilt als die Gründung Omotos.

Da Nao für geisteskrank gehalten wurde, liess man sie einsperren. In ihrer Zelle fand sie einen Nagel und begann, damit auf eine Säule zu schreiben, obschon sie Analphabetin war. Dies gilt als der Beginn ihrer Schriften, deren insgesamt 200’000 Seiten Nao selbst angeblich nie lesen konnte, die aber unter der Bezeichnung Ofudesaki die Grundlagen von Omoto-kyo darstellen. Auffallend ist allerdings, dass das gesamte Werk nur in der japanischen Silbenschrift geschrieben wurde, welche aus einer begrenzten Anzahl Zeichen besteht und verwendet werden kann, um jedes beliebige Wort zu schreiben. Die aus dem Chinesischen stammenden Schriftzeichen, welche es in unzähligen Mengen gibt, da für beinahe jedes Wort ein eigenes existiert, hat Ushitora no Konjin, als er Naos Hand zum Schreiben benutzte, nicht verwendet, obwohl im Japanischen normalerweise eine Kombination von beiden Schreibsystemen angewandt wird.

In Naos Schriften findet sich auch nationalistisches Gedankengut der damaligen Zeit. Ausserdem behauptet Nao in einer Passage, dass vorangegangene (neue) Religionen in Japan bereits 99% des Wissens besässen, aber keine von ihnen kenne das ausschlaggebende eine Prozent. Gemeint ist die Erkenntinss, dass es Zeit für einen Neuaufbau der Welt sei. Das bisher fehlende eine Prozent, sei das Verständnis, wie dieser Neuaufbau angegangen werden sollte.

Um ihre Freiheit zurück zu erlangen, musste Nao 1893 ihrem Schwiegersohn Shikazo Otsuki, der die Aufgabe ihrer Aufsicht übernommen hatte, versprechen, dass er ihr Haus verkaufen dürfe. Ihre Kinder wurden zu jemand anderem geschickt, der sich um sie kümmern sollte. Nao selbst lebte teils bei Otsuki, teils bei einer ihrer Töchter. Sie begann, mithilfe von Gebeten Menschen zu heilen. Ausserdem soll sie den Sino-Japanischen-Krieg vorhergesagt haben, der im Folgejahr begann und einem ihrer Söhne das Leben kostete. Nao wurde immer bekannter, und in Kameoka wollte ein Priester der Gemeinschaft Konko-kyo ihre Berühmtheit ausnutzen, indem er einen Schrein für ihren Gott neben demjenigen seiner eigenen Gottheit errichten liess. Nachdem Nao erfuhr, dass der Priester kein Interesse an Ushitora no Konjin hatte, sondern es ihm nur darum ging, seine eigene Religion bekannter zu machen, verliess sie den Schrein. Gewisse Einflüsse Konko-kyos finden sich aber heute noch in Omoto-kyo wieder, wie der Glaube, dass der Gott Konjin gut sei. Im japanischen Volksglauben vor Konko-kyo wurde er für böse gehalten.

Im Ofudesaki soll erwähnt worden sein, dass ein „Mann aus dem Osten“ kommen würde, der dabei helfen würde, Ushitora no Konjins Botschaft zu verbreiten. Einige Jahre später, 1898, erhielt der 27-jährige Kisaburo Ueda aus Anao, heute Teil Kameokas, im Trancezustand den Auftrag nach Ayabe, zu reisen, wo jemand auf ihn warten würde. Nach einem zweiten Treffen ein Jahr später begann die zusammenarbeit mit Nao, und Anfangs 1900 heirateten Kisaburo und Sumiko, Naos jüngste Tochter. Kisaburo änderte seinen Namen zu Onisaburo Deguchi und gilt heute trotz mancher Differenzen zwischen Nao und ihm als Mitbegründer Omotos. Seine Aufgabe war es vor allem, Naos Eingebungen zu interpretieren und die Religion zu organisieren.

In der darauf folgenden Zeit unternahmen Nao und Onisaburo viele Pilgerreisen. Als sie im Sommer 1901 von der letzten Reise zurückkehrten, wurden sie beinahe täglich von der Polizei besucht, da diese forderte, die Religion offiziell anerkennen zu lassen. Ende 1901 ging Onisaburo deswegen nach Shizuoka, wo er sich mit einem ehemaligen Mentor und Leiter einer Shinto-Laien-Organisation treffen wollte, um die Situation zu besprechen. Es stellte sich aber heraus, dass ein Stempel fehlte, um die Autorisierung Omotos zu beantragen. Nao war gegen diese Reise gewesen und zog sich deshalb in einen Schrein auf dem Berg Misen zurück. Doch für Frauen war es damals ein Tabu, diesen Berg zu besteigen, weshalb sie von der Polizei verhaftet wurde. Onisaburo kehrte nach Ayabe zurück, um Nao von der Polizei abzuholen, wissend dass das offizielle Verbot für Frauen, heilige Orte aufzusuchen, 1872 aufgehoben wurde.

Das erste Heiligtum Omotos wurde 1909 erbaut. Die Zahl der Mitglieder wuchs und die finanzielle Situation besserte sich. Nao lebte trotzdem weiterhin sehr bescheiden bis zu ihrem Tod 1918.

Die spirituelle Führung von Omoto übernahm Naos jüngste Tochter Sumiko. Auch später wurde dieses Amt innerhalb der Familie weiter gereicht, und zwar immer an eine Tochter. Die Aufgabe Onisaburos hingegen, die Verwaltung, blieb immer in den Händen eines Mannes.

Der wichtigste Grundsatz von Omoto-kyo lautet, dass Gott mithilfe der Menschen die Welt reinigen und neu aufbauen will, damit die Menschheit und die Natur sowohl auf der Erde wie auch in der Geisterwelt friedlich miteinander leben können, beziehungsweise um das Himmelreich auf Erden zu errichten. Omoto-kyo verbreitet vier Lehren und vier Prinzipen. Die Lehren beinhalten, dass in Harmonie mit dem Universum gelebt, die „Himmlische Wahrheit“ erkannt, „angeborene Verhaltensmuster vom Menschen, der Gesellschaft und dem Kosmos“ angewandt und „instinktiven schöpferischen Drängen“ nachgegangen werden soll. Diese letzte Lehre erklärt den hohen Stellenwert, den Omoto der Kunst zuschreibt. Die vier Prinzipien, nach denen gelebt werden soll, versprechen ein „himmlisches Leben im Geist und im Fleisch“. Leid wiederfährt dem, der sich nicht daran hält. Die Prinzipien beschreiben die Reinheit, beziehungsweise die Reinigung von Körper und Geist, den Optimismus und Glauben an die Gottheit, Progressivismus und zuletzt die Einigung, gemeint ist die Abgleichung von Gegensätzen, wie zum Beispiel gut und böse, reich und arm, Mensch und Natur sowie Mensch und Gott.

Wenn das Ziel einer neuaufgebauten Welt erreicht worden ist, soll es keine politischen oder religiösen Streitereien mehr geben, da alle Menschen zusammenarbeiten werden. Dafür ist eine kulturell neutrale, universale Sprache zur Kommunikation unerlässlich, weshalb Omoto-kyo Esperanto propagiert, eine von Dr. L. L. Zamenhof (1859-1917) erfundene Sprache, welche Onisaburo zur Sprache des Himmels erklärt hat.

Nach Naos Tod, aber noch während Onisaburo zusammen mit Sumiko Omoto-kyo leitete, gab es zwei Ereignisse, die als der „erste Omoto-Vorfall“ (1921 – 1925) und der „zweite Omoto-Vorfall“ (1935 – 1945) bezeichnet werden. Es handelte sich jeweils um eine Verfolgung durch den Staat, bei dem Omoto-Schreine zerstört und Führungskräfte gefangen genommen wurden. Dies war besonders im zweiten Vorfall heftig.

Zwischen diesen beiden Verfolgungen, von 1925 bis 1933, führte Omoto-kyo eine Mission in Paris durch, um von dort aus ihre Lehre in Europa zu verbreiten. Im Zuge dieser Mission wurde Onisaburo als Messias oder Maitreya, der Buddha der Zukunft, beschrieben, der die Welt vereinigen würde.

Die Kampfkunst Aikido ist in Omoto-kyo ziemlich wichtig, da der Erfinder von Aikido, Morihei Ueshiba (1883 – 1969), einer von Onisaburos Anhängern war. Viele Mitglieder von Omoto praktizieren Aikido und andere Kampfkünste, wobei viel Wert auf den Aspekt „Kunst“ gelegt wird.

Ueshiba liess sich bei der Entwicklung von Aikido durch Omotos Lehren beeinflussen. Beispielsweise integrierte er Chinkonk-kishin in die traditionellen Aufwärmübungen, die teilweise heute noch durchgeführt werden. Dabei handelt es sich um eine Kombination aus Reinigungsritual, Atemübungen und Meditation, die ursprünglich aus dem Shintoismus kommt, aber durch Omoto-kyo stark an Popularität gewann. Bevor Onisaburo Chinkon-kishin wieder aufleben liess, wurde dieser Versuch, sich meditativ mit dem Göttlichen zu vereinigen, kaum noch unternommen. Aber auch Omoto unterlässt diese Praktiken heute, da sie „tiefgreifende und oft überraschende Auswirkungen“ gehabt haben sollen.

Heute hat Omoto-kyo zwei Hauptzentren, eines in Ayabe, dem Ort, an dem Nao ihre erste Offenbarung hatte, und in Kameoka, dem Geburtsort Onisaburos. Die Mitgliederzahl wird auf 170’000 geschätzt. Omoto beteiligt sich an Projekten zur Förderung der Zusammenarbeit verschiedener Religionen.