Im Jahr 1992 erklärte Metropolit Filaret von Kiew (*1929) den Austritt aus der Russisch-Orthodoxen Kirche, nachdem Bischöfe in der Ukraine mehr Selbständigkeit forderten. Nach einem kurzzeitigen Zusammenschluss mit der Ukrainischen Autokephalen Orthodoxen Kirche war die Ukrainisch-Orthodoxe Kirche (UOK) wieder unabhängig unterwegs.

Nach mehreren Leitungswechseln trug Filaret seit dem Jahr 1995 das Amt des Metropoliten. Im Jahr 1997 erteilte ihm die Russisch-Orthodoxe Kirche einen Kirchenbann. Nach der Jahrausendwende waren die bestehenden  orthodoxen Kirchen um eine Zusammenarbeit bemüht. Mit zunehmenden Konflikten zwischen Russland und der Ukraine änderte sich auch die Situation der Kirche. So wurde im Jahr 2017 auch der Zutritt der Kathedrale der Ukrainisch-Orthodoxen Kirche in Simferopol (auf der Halbinsel Krim) durch Russland verwehrt.

Die Ukrainisch-Orthodoxe Kirche (Patriarchat von Kiew) fusionierte 2018 mit der Ukrainischen Autokephalen Orthodoxen Kirche zur Orthodoxen Kirche der Ukraine.

Im Jahr 2018 zählte die UOK 35 Eparchien, 4807 Gemeinden und mehrere Diözesen im Ausland.

Laut einer Bevölkerungsumfrage im Jahr 2016 bekannten sich 45.7 % der ukrainischen Bevölkerung zur UOK.