Frank Houston wurde 1999 der Pädophilie bezichtigt, und laut Recherchen einer staatlichen Kommission hatte Houston mehrere Jungen im Alter von 6 – 13 Jahren sexuell missbraucht, darunter auch den Sohn einer befreundeten Familie. Frank Houston starb 2004, ohne dass die Vorgänge je strafrechtlich verfolgt worden wären. Brian Houston soll von den Missbrauchsfällen seines Vaters gewusst und diese vertuscht haben, weswegen im August 2021 ein Gerichtsverfahren gegen ihn eröffnet wurde. Er selbst sagte zu den Missbräuchen, er sei «total am Boden zerstört» gewesen, als er davon gehört habe, und «lernen müssen, dass der Mensch, den ich bewundert habe, nicht der war, für den ich ihn gehalten habe.» Im Jahr 2014 dementierte Houston im Kontext einer offiziellen Untersuchung, von einer Zahlung von 10’000 Dollars an einen Mann, der als Kind von Frank Houston missbraucht worden war, gewusst zu haben.

Nachdem Hillsong im Januar 2022 kommunizierte, dass Brian Houston nur dann zurücktreten würde, wenn er in diesem Verfahren verurteilt würde, trat er im März 2022 zurück. Grund dafür war, dass er sich während der jährlichen Konferenz 2019 unter Einfluss von Alkohol und rezeptpflichtigen Drogen für 40 Minuten im Hotelzimmer eines weiblichen Gemeindemitglieds aufgehalten haben soll, was dem «Pastoral Code of Conduct» der Kirche widerspreche. Er selbst könne sich nicht daran erinnern, ob er Sex gehabt habe, und die Frau selbst hat dazu keinen Kommentar gegeben. Phil Dooley, der Houstons Rolle als Global Senior Pastor übernommen hat, sagte dazu aus, dass die Schilderungen beider Personen nicht ganz zuverlässig seien, da sie unter Alkoholeinfluss gestanden wären. Die beiden externen Pastoren Paul de Jong und Chris Hodges, welche beide eine eigene Kirche gegründet haben, seien für die Untersuchung des Vorwurfs mit je 10’000 australischen Dollars entlöhnt worden. In einem zweiten Fall soll Brian Houston eine «unangebrachte Textnachricht» an eine Mitarbeiterin gesendet haben. Gemäss Dooley soll in etwa geschrieben worden sein, «wenn ich bei dir wäre, würde ich dir einen Kuss oder eine Umarmung geben». Die Mitarbeiterin kündigte kurz darauf. Laut Hillsong sei Houstons Verhalten in diesem Fall auf «Schlaftabletten» zurückzuführen.

Der australische Parlamentarier Andrew Wilkie gab im März 2023 an, von einem Whistleblower der Hillsong kontaktiert worden zu sein, und thematisierte diverse Vorwürfe. So sollen ihm Beweismaterialien zu Betrug, Geldwäscherei und Steuerhinterziehung vorliegen, die er im Parlament gezeigt haben soll. Neben einer Auflistung von diversen Luxusgütern, die mit Geldern der Kirche finanziert worden seien, sollen auch Familienmitglieder der Houstons $150’000 des Geldes für einen Luxus-Retreat in Cancun, Mexiko ausgegeben haben. Brian Houston selbst habe «private jets like Ubers» genutzt.

Phil Dooley, der die Kirche nach Houstons Rücktritt übernahm, soll ebenfalls Zehntausende für Business-Class-Flüge für seine Tochter und sich selbst ausgegeben haben, obwohl er selbst der Gemeinde gegenüber gesagt hatte, dass er nur Economy fliege. Weitere Vorwürfe beinhalten hohe Ausgaben für PastorInnen und das Leitungspersonal im Vergleich zu geringen Ausgaben für die Hilfe von «people in need», oder das zweckwidrige Verwenden von Geldern zum Kauf der Festival Hall in Melbourne. Zudem sollen Tantiemen für Hillsongs Musikschreibende, unter anderem Brian Houstons Sohn Joel Houston, aus den Spenden statt aus dem kommerziellen Teil von Hillsong bezahlt worden sein.

Zu diesen Vorwürfen sagte Hillsong, sie seien nun «a different church now than we were twelve months ago». In einem Statement heisst es, sie seien, was bisherige Fehlverhalten und Versäumnisse der vorherigen Leitung anging, «offen und transparent» gegenüber der eigenen Gemeinde gewesen. Weiter hätten sie in den letzten zwölf Monaten «unabhängige, professionelle Unterstützung» erhalten, um ihre «Leitungs- und Rechenschaftsprozesse zu überarbeiten». Des Weiteren seien die Vorwürfe «ausserhalb des Kontextes» und von einem Mitarbeitenden oder einer Mitarbeiterin in «einem laufenden Gerichtsverfahren» erhoben worden. So soll Phil Dooley die Flüge zum Teil selbst bezahlt und ein weiterer «grosser Teil» sei von einer anderen Kirche, die er besucht habe und nicht mit Hillsong in Verbindung stehe, rückerstattet worden. Sie enthielten sich weiterer Aussagen unter dem Verweis auf das Gerichtsverfahren, das zu dieser Zeit lief.

In den USA wurden ebenfalls verschiedene finanzielle und sexuelle Skandale bekannt. Begonnen hat dies mit der Entlassung von Carl Lentz, bekannt dafür, dass er viele berühmte Personen in die Kirche gebracht hat, im November 2020. Er soll eine monatelange Beziehung mit einer Frau ausserhalb der Kirche gehabt haben. Nachdem Brian Houston ihn aufgrund von «Problemen mit der Leitung», «gebrochenem Vertrauen» und «moralischem Scheitern» entliess, wurde diese Affäre bekannt. Zudem soll er früher die Nanny seiner Kinder übergriffig berührt haben.

Nach Lentz’ Entlassung folgten weitere Rücktritte. Darnell Barrett, der «creative director» der Hillsong Kirche Montclair in New Jersey, trat zurück, nachdem er zugab, seine Frau betrogen zu haben. Zudem soll er einer ehemaligen Freiwilligen freizügige Bilder zugesendet haben. Er selbst sagte aus, dass es sich dabei um «einen ehrlichen Fehler» handle. Die betroffene Frau warf ihm vor, bewusst gehandelt zu haben. Ein weiteres Mitglied soll seine Handlungen der Kirche gemeldet haben.

Hillsong Dallas wurde ebenfalls «pausiert», wie Houston erklärte, nachdem eine Untersuchung des ehemaligen Lead Pastoren Reed Bogard und seiner Frau Jess eingeleitet wurde. Die beiden sollen Kirchengelder «verschwenderisch» gebraucht haben. Bogard wurde von seiner Funktion suspendiert, unter dem Vorwurf, dass er daran gescheitert sei, die «Standards der Hillsong Leadership» aufrechtzuerhalten. Die Gemeinde in Dallas soll, so kündigte Houston es an, neue Lead Pastoren erhalten. Verschiedene Faktoren, die aufgrund der Pandemie verschlimmert worden seien, sollen das Erfüllen dieser Versprechungen erschwert haben, weswegen Hillsong Dallas pausiert wurde.

Laut einer Gruppe von ehemaligen Freiwilligen hätten Hillsong-Mitarbeitende die Kirche wie «ein schäbiger Datingservice» genutzt, würden mit den Freiwilligen «herumschlafen» und sie um Nacktbilder bitten. Die Organisation biete «ungehemmtem Missbrauch» einen Nährboden, nicht zuletzt, da sie eine «Kultur des Schweigens und der Angst» fördere.

So sollen einzelne Mitarbeitende sowie Pastoren verbale Gewalt gebraucht haben, und wenn sich jemand beschwerte, soll ihnen gesagt worden sein: «sie sind einfach so – es ist deren Persönlichkeit/Kultur».

Eine Gruppe ehemaliger Freiwilliger habe im Jahr 2018 einen Brief an Führungspersonen gesendet haben, in welchem es von «verifizierten, weithin bekannten Geschichten unangebrachten sexuellen Verhaltens zwischen Mitarbeitenden und PraktikantInnen» warnte. Die Gruppe soll den Brief sieben Leitungspersonen im US-Zweig gesendet haben. Die Reaktion der Kirche auf den Brief ist unbekannt.

Im deutschsprachigen Raum berichtete das Recherchebüro CORRECTIV 2023 über ihnen vorliegende Dokumente aus den Jahren 2010 bis 2015, welche Einnahmen und Ausgaben der Zentrale von Hillsong Germany in Konstanz darlegten. So soll der deutsche Lead-Pastor Freimut Haverkamp auf Kosten der Kirche in Luxushotels übernachtet und ein teures Geschenk der australischen Mutterkirche erhalten haben. Ebenfalls soll die Kirche auch anderen Mitgliedern des Vorstands sowie Führungskräften «luxuriöse Reisen, eine teure Wohnung in bester Lage in Düsseldorf, Dienstwagen, eine Lebensversicherung, Besuche im Fitnessstudio und teure Geschenke» unter anderem mit den Spenden der AnhängerInnen finanziert haben. Hillsong wies die Vorwürfe «auf das Entschiedenste» zurück und erklärte, dass die satzungsgemässe Verwendung des gespendeten Geldes jährlich von einem Steuerberater festgestellt würde.

Beispielsweise soll Hillsong Germany in der Spanne dieser Zeit zweimal Aufenthalte in Fünf-Sterne-Hotels in London bezahlt haben. Hillsong selbst kommentierte dazu, dass die hohen Hotelpreise «Grossveranstaltungen» in der Stadt und der Anzahl Teilnehmern geschuldet und somit auch nicht repräsentativ für die sonstigen Reisekosten seien.

Die «teure Wohnung in bester Lage in Düsseldorf» sei gemäss ehemaligen Mitgliedern nur wenige Tage im Jahr genutzt worden, meistens allein von Pastor Freimut Haverkamp. Hillsong selbst sagt dazu, dass die Wohnung als Hotelersatz für angereiste Mitarbeitende gedient haben soll, und Privataufenthalte in Rechnung gestellt worden seien.

Die Gehälter für die Lead Pastoren wurden von Hillsong Germany auf Anfrage des Recherchebüros nicht preisgegeben. Im Rahmen der Correctiv-Recherchen wurden vier Abbuchungen aus den Jahren 2010 und 2013 gefunden, welche einen Betrag zwischen EUR 2’800 und EUR 3’100 zeigen. Dienstwagen und «eine betriebliche Altersvorsorge» können Teil der Vergütung an Vorstandsmitglieder sein und würden dann auch ordnungsgemäss abgerechnet und versteuert, wie ein Hillsong-Sprecher kommunizierte.

Haverkamp sagte aus, dass er zu seinem 40. Geburtstag eine Rolex von Brian Houston erhalten hat. Nachdem publik wurde, dass diese mit Geldern der Hillsong Church finanziert wurde, hat er diese nach eigenen Angaben zum Verkauf angeboten. Die Erlöse sollen zurück in die Kirche fliessen.

Vom Vorwurf, dass sie ein Wohlstandsevangelium propagieren, distanziert sich Haverkamp. So sagte er in einem Interview mit PRO, niemand führe ein Luxusleben, oder strebe dieses an. Bei ihnen werde nicht gepredigt, und es entspräche auch nicht seiner Ansicht, dass ein Pastor einer Gemeinde überdurchschnittlich gesegnet sein müsse. Ein Pastor solle «ein dienendes Herz» haben.

Im Jahr 2023 wurde der Podcast «Toxic Church: Die Hillsong Story» publiziert, welcher diverse der bereits obengenannten Missstände thematisiert und einzelne AussteigerInnen interviewt. Diese berichteten unter anderem, dass Freiwillige auch den Lead Pastoren Haverkamp «gedient» haben sollen, beispielsweise, indem sie deren Wäsche wuschen. Dies soll innerhalb der Kirche als «grosse Ehre» bezeichnet worden sein. Zudem soll eine Interessentin ausgegrenzt worden sein, nachdem sie von der eigenen Homosexualität erzählt hatte. Hillsong kommentiert den Vorwurf der Homophobie wie folgt: «Wir haben überhaupt nichts gegen homosexuelle Menschen. Im Gegenteil: Wir lieben und respektieren sie wie alle anderen Menschen auch.»

Ein Student des Hillsong Colleges berichtete 2003 davon, gedemütigt worden zu sein und sich unterordnen zu müssen. Er beschrieb die Ausbildung als eine Charakterschule, die wenig akademisches Wissen vermittle.

Eine australische Kanzlei hat das Hillsong College untersucht und rassistische sowie sexistische Vorfälle gefunden. Zudem würden wohlhabende Studierende sowie solche, welche Hillsong Familien naheständen, bevorzugt behandelt. Es bestehe ausserdem eine Erwartungshaltung, dass Studierende sich ausserhalb des akademischen und praktischen Rahmens des Studiums freiwillig engagieren, beispielsweise beim Organisieren von Konferenzen, aber auch bei der Produktion der weltweit bekannten Musik. Neben den Semestergebühren und den Gebühren für die Logie müssten Studierende auch, zusätzlich zur «obligatorischen Freiwilligenarbeit» 10% ihres verdienten Geldes abgeben.

Das College soll zudem einige Studierende gelehrt haben, dass Frauen sich sexuell ihren Ehemännern unterwerfen sollen. Weiter würden Studierende zu ihren «sexuellen Sünden» ausgefragt und als «nicht sicher» bezeichnet, wenn sie zugaben, Sex zu haben oder Pornographie zu konsumieren. Studierende würden dazu instruiert, «biblisch unmoralischen Praktiken» wie Betrunkenheit, vulgäre Sprache, okkulte Praktiken oder «sexuelle Sünden» zu vermeiden. Zudem bestehen angeblich weitere Regeln zum Dating-Verhalten der College-Studierenden.

Eine Studentin des Hillsong College hat im Jahr 2018 der Kirche einen sexuellen Übergriff durch einen Hillsong Mitarbeiter gemeldet. Laut ihr dauerte es drei Monate, bis der mutmassliche Täter informiert wurde, und weitere zwei Monate, bis Hillsong eine weitere Handlung unternahm. Laut Statement der Kirche wurde die Ernsthaftigkeit des Vorfalles erst verstanden, nachdem die Studentin eine formelle Beschwerde eingereicht habe, und sie hätten sogleich Rechtsberatung in Anspruch genommen, «gemäss unserer Policy, wenn wir eine ernstzunehmende Beschwerde erhalten». Der angebliche Übergriff selbst wurde später in einem öffentlichen Statement als versehentlich unangebrachte Berührung, nämlich als «fehlgeschlagene Umarmung eines Betrunkenen», bezeichnet. Er selbst wurde eines Sittlichkeitsvergehens schuldig gesprochen und zwei Jahre auf Bewährung gewesen. Von Hillsong soll er 12 Monate lang vom «Ministry» gebannt worden sein, ehe er wieder seine vorherige Rolle übernehmen durfte, mit der Begründung, dass dies biblischen Prinzipien zu Disziplin und Restoration entspreche. Zudem, wie Houston erklärte, sprächen sie hier nicht über einen sexuellen Predator, sondern über «einen jungen Mann, einen jungen, verheirateten Mann, der etwas Dummes getan hat. War viel betrunkener als er sein hätte sollen […] und landete in einer schlechten Situation.» Der Umgang der Kirche mit dem Vorfall wurde von der Studentin und ihrem Vater scharf kritisiert.

Aufgrund der Anschuldigungen, dass Hillsong selbst Betrug, Geldwäscherei sowie Steuerhinterziehung begangen habe, wurde auch das Hillsong College untersucht und von einer australischen Kommission im Dezember 2024 auf Bewährung gesetzt. Das College muss nun seine Buchhaltung, sein Finanzmanagement und seine Transparenz verbessern, sowie Interessenkonflikte eliminieren. Zudem muss das College die zuständige Kommission nach 6, 12, und 18 Monaten über den eigenen Fortschritt informieren.