Die neueste Forschung rechnet mit verschiedenen Entstehungsbereichen der frühen Täufer. Die ersten Gemeinden in der Schweiz sind in Zürich entstanden. Der Zürcher Reformator Zwingli gründete um 1515 einen Bibellesekreis, in dem Theologen und Laien die Bibel anhand des griechischen und hebräischen Urtextes studierten. Mitglieder dieses Bibebellesekreises waren unter anderem der Humanist Konrad Grebel und der Altphilologe Felix Mantz.  Da in diesem Bibellesekreis viele einzelne und unterschiedliche Gruppen ihre Anliegen präsentierten wurde es für Zwingli schwierig ein Gleichgewicht zwischen deren Wünsche zu bewahren. 1522 kam es zu einem Vorfall, in dem einige antiklerikale Intellektuelle während der Fastenzeit ein Wurstessen veranstalteten, um die Zürcher und den Bischof in Konstanz herauszufordern. Obwohl Zwingli nicht mitass, nahm er doch daran teil. Wie dieses Wurstessen könnte man danach auch die Beziehung zwischen den Täufern und Zwingli beschreiben: Während die Täufer schnelle radikale Reformen wünschten, blieb Zwingli im Gegensatz dazu eher milde und langsam.

Am 29. Januar fand die erste Zürcher Disputation statt, in dem der Stadtrat über die von Zwingli aufgeworfenen Fragen allein auf der Grundlage der Heiligen Schrift diskutieren wollten. Zwingli konnte den Rat überzeugen und mit Unterstützung des Stadtrats seine Reformation fortsetzen. Zwinglis Weg beinhaltete eine enge Zusammenarbeit mit dem Stadtrat von Zürich. Doch für Konrad Grebel und Felix Mantz war es nicht richtig, die Reformation von einer staatlichen Obrigkeit abhängig zu machen. Neben Grebel und Mantz waren die Täufer der Meinung, Zwinglis Reformation vernachlässige die Bildung wirklich freier Gemeinden, die Selbständigkeit gegenüber der Obrigkeit und die Einführung der wahren Taufe.  Auch wenn religiöse Anstösse besonders zahlreich waren, waren sie doch nicht die einzigen Anstösse für die Entstehung der Täuferbewegung. Dazu kamen politische, wirtschaftliche und kulturelle Voraussetzungen. So spaltete die zweite Zürcher Disputation im Oktober 1523 die zwinglische Reformation. Zwingli verlor einen Teil seiner eifrigsten Anhänger aber gewann an politischen Einfluss und verbesserte so seine Erfolgsaussichten. Zwingli wollte seine Arbeit nicht gefährden und war überzeugt, dass bleibende Reformen nur mit Hilfe des Rats möglich waren.

Die Täufer, welche sich von Zwingli abwandten, eine Gemeinde der «wahrhaft Glaubenden» und eine vollständige Reinigung des Gottesdienstes, den Verzicht auf die priesterlichen Kleider und die Abnahme der Heiligen- und Votivbilder. Des Weiteren lehnten sie den Gesang in der Kirche ab und forderten, die Wechselgebete durch das Vaterunser als einziges Gebet zu ersetzten. Diese Forderungen wurden zwar von Zwingli in den Anfängen unterstützt, doch den Täufern ging alles zu langsam. Ein zentrales Anliegen der Täufer, welches Zwingli anfangs auch unterstütze, war die Abschaffung der Kindestaufe. Später ruderte Zwingli jedoch zurück, stütze sich auf den Kirchenvater Augustinus und meinte, dass die Kindstaufe am 8. Tag nötig sei, um das Kind in die christliche Gemeinde aufzunehmen. Der Täufer Felix Mantz legte im Dezember 1524 dem Rat eine Rechtfertigungsschrift vor, in dem er klarstellte: «Kinder zu taufen wurde von Christus, wie auch von seinen Aposteln nicht gelehrt. Taufe bedeutet, die, die sich bessern, ein neues Leben annehmen, den Lastern absterben, mit Christus begraben werden und mit ihm in Erneuerung des Lebens aus der Taufe auferstehen.» Der Stadtrat und Zwingli hielten an ihrer eigenen Formel fest und wiesen die «Störenfriede» in ihre Schranken. Dazu fingen sie an die Einhaltung ihrer Anordnung zu überwachen und liessen erstmals ein Tauf- und Geburtsregister anlegen. Wer dieser Anordnung nicht folge leistete, sollte verbannt werden. Die Täufer erhielten zugleich ein Versammlungsverbot. Am 21. Januar 1525 jedoch trafen die die Täufer im Haus von Felix Mantz und führten die erste Erwachsenentaufe durch. Getauft wurde Georg Blaurock, ein ehemaliger katholischer Priester. Am Tag darauf fand in Zollikon bei Zürich das erste Abendmahl der Täuferbewegung statt. Dieses Mahl war schlicht mit einem gewöhnlichen Brot (also keine Oblaten) und einem Krug Wein. Die Teilnehmenden nahmen das Mal mit der Absicht «fürderhin ein christliches Leben [zu] führen und halten». Zentral war darin auch die Ablehnung der Wehrpflicht.  1525 wurden mit der Taufe Erwachsener nach und nach die ersten freie staatsunabhängigen Gemeinden gebildet. Bedrängnis und Verfolgung konnten in den damaligen Verhältnissen nicht ausbleiben. Dadurch wurden zahlreiche Täufer über weite Gebiete Europas zerstreut.

Die Täufer wurden aus Zürich und seinem Landgebiet vertrieben. Im Folgenden zogen sie durch das Land und missionierten für ihre Gemeinden. Grebel zog es nach Schaffhausen, wo er mit Sympathien des dortigen Reformators rechnen konnte, dort taufte er mehrere Gläubige. Weiter zog er mit derselben Absicht nach St. Gallen und dann ins Grünninger Amt, wo er aufgewachsen war. Dort wurde er schliesslich im Oktober 1525 zusammen mit Felix Mantz und Georg Blaurock gefangen genommen. Sie konnten jedoch im März 1526 der Gefangenschaft entkommen. Der Zürcher Rat ordnete für «Wiedertäufer» ab 7. März 1526 die Todesstrafe an. Grebel starb einige Wochen später aber an der Pest. Mantz predigte und missionierte nach dem Entkommen zuerst in Graubünden und dann wieder im Zürcher Gebiet, wo er verhaftet wurde. Am 5. Januar 1527 wurde Felix Mantz an der Limmat als einer der ersten Märtyrer der Täuferbewegung ertränkt. Blaurock wanderte durch das Berner Gebiet, predigte und missionierte dort, bis auch er 1529 ergriffen, gefoltert und schliesslich auf dem Scheiterhaufen verbrannt wurde.

Durch die Verfolgung breiteten sich die Täufer bis ins Rheinland aus. Sie missionierten und predigten auf ihrer Flucht und folgten den grossen Handelsstrassen. In der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts verstärkte sich die Verfolgung vor allem auch in Städten, wodurch viele Täufer sich auf dörfliche und ländliche Verhältnisse zurückzogen. Die Bekämpfung der Täufer nahm 1585 strukturelle Formen an. So wurde bestimmt, dass solche, die keine Prediger waren und auch noch nicht wiedergetauft wurden, mit einer Geldstrafe belegt werden. Für solche, die bereits wiedergetauft wurden sahen die Theologen folgende Steigerung der Strafen vor. 1. Geldstrafe, 2. Ausschluss von der Nutzung gemeiner Güter in Wald und Feld, sowie weitere wirtschaftliche Einschränkungen, 3. Gefängnis, 4. Landesverweis, 5. Bei Auswanderung Beschlagnahmung der Güter, 6. Todesstrafe. So breiteten sich die Täufer zunächst auf Süddeutschland und Frankreich aus und danach auf die Niederlande und von dort auf den amerikanischen Kontinenten.

Auf andere Art bewegt verlief die Geschichte der chiliastischen, endzeitbewegten Täufer. Melchior Hofmann (1495–1543) aus Strassburg verband täuferische Gedanken mit der Erwartung, dass der Anfang des göttlichen Reiches nahe bevorstehe. Der missglückte Versuch, 1534/35 in Münster das Tausendjährige Reich aufzurichten, entstammte mehr chiliastisch revolutionären als täuferischen Gedanken.

Erfolgreicher und auch besonnener waren die in Norddeutschland und den Niederlanden entstandenen Täufergemeinden. Sie fanden im ehemaligen katholischen Priester Menno Simons (1496–1561) ihren Führer. Nach ihm werden die Täufer Mennoniten genannt.

Die verschiedenen Entstehungsbereiche der Täufer und Mennoniten, die in ihren Anfängen wahrscheinlich nie gesamthaft organisiert waren, spiegeln sich in den heutigen Verbindungen von Täufergemeinden wider. Die Gemeinden in der Schweiz, im Emmental, im Jura, in Basel, Liestal, Biel und Bern haben sich zur Konferenz der Mennoniten der Schweiz (Alttäufer), zusammengeschlossen (früher: Konferenz der Altevangelisch Taufgesinnten-Gemeinden). In ihrem Gebiet liegt das europäische Ausbildungs- und Tagungszentrum Bienenberg, 4410 Liestal. Die Täufer bzw. Mennoniten in der Schweiz und in Süddeutschland haben sich pietistischen Einflüssen geöffnet.

In Süddeutschland ist der Verband deutscher Mennoniten-Gemeinden entstanden.

Die Gemeinden im Norden Deutschlands gehören zur Vereinigung der Deutschen Mennonitengemeinden. Obwohl die Ansichten dieser Zusammenschlüsse hinsichtlich Taufe, Abendmahl und Gemeindezucht auseinandergehen, suchen sie in Konferenzen miteinander Kontakt. Als ein historischer Schritt in die Zukunft wird die Gründung der Arbeitsgemeinschaft Mennonitischer Gemeinden in Deutschland in den Jahren 1990/91 bezeichnet. Träger sind der «Verband», die «Vereinigung» und die «Arbeitsgemeinschaft Südwestdeutscher Mennonitengemeinden».

Durch vertriebene Täufer und Auswanderer sowie auf Grund missionarischer Tätigkeit entstanden im Laufe der Zeit in zahlreichen Ländern eine Reihe von Mennoniten- oder Täuferkirchen. Die meistend er bedeutenderen Mennonitenkirchen sind Mitglieder der 1925 gegründeten Mennonitischen Weltkonferenz.