Begründer des neueren Baptismus im deutschen Sprachgebiet ist J. G. Oncken (1800– 1884). Er stand unter dem Einfluss angelsächsischer baptistischer Kreise und gründete 1834 in Hamburg die erste Gemeinde. 15 Jahre später 1849 bildeten die neu entstandenen Gemeinden den ersten baptistischen Gemeindebund. Der zeitbedingte Zusammenschluss mit dem Bund freikirchlicher Christen (Christliche Versammlungen und «Offene Brüder» der Darbysten) im Jahre 1941, dem der Anschluss der Berliner Elim-Gemeinden vorangegangen war, führte zum heutigen Namen Bund Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden in Deutschland. Der Bund besitzt in Elstal bei Berlin ein theologisches Seminar und in Kassel den J. G. Oncken-Verlag.

J. G. Onckens Einfluss reichte auch bis in die Schweiz, wo er 1847 die erste Baptistengemeinde in Ebnat-Kappel begründete.  Im Jahr 1849 folgte in Zürich durch F. Maier die Gründung der ältesten Baptistengemeinde in der Schweiz, die heute noch existiert. Seit 1923 bilden die verschiedenen Gemeinden den Bund Schweizer Baptistengemeinden.

Die nationalen Bünde sind verschiedenen ökumenischen Arbeitsgemeinschaften sowie dem Baptistischen Weltbund, der Europäischen Baptistischen Föderation und der Europäischen Baptistischen Mission, nicht aber dem Ökumenischen Rat der Kirchen angeschlossen.

Die Baptisten verstehen sich als Gemeinde gläubig getaufter Christen. Die inspirierte Schrift gilt ihnen als Massstab für Lehre und Leben. Die Taufe ist ein Akt des Glaubensgehorsams und des Bekenntnisses zu Christus und seiner Gemeinde; sie schenkt dem Täufling im Sinne einer Bundesschliessung die Gemeinschaft mit dem gekreuzigten und auferstandenen Herrn. Das Abendmahl folgt der Vergebungsgewissheit. Es wird als Gedächtnis- und Gemeinschaftsmahl gefeiert.

Die Einzelgemeinde ist kongregationalistisch autonom und wird von Pastoren, und Gemeindeleitungen geleitet.

Der Bund Schweizer Baptistengemeinden ist Mitglied der Baptistischen Weltallianz (Baptist World Alliance) und des Dachverbands Freikirchen.ch. Die einzelnen Gemeinden wirken bei der jeweiligen lokalen Sektion der Schweizerischen Evangelischen Allianz mit.

Weltweit zählen die baptistischen Kirchen rund 150 Millionen Mitglieder.

Zum Bund Schweizer Baptistengemeinden gehören zurzeit elf Gemeinden, darunter zwei brasilianischsprachige in Basel und Zürich und eine internationale englischsprachige in Rüschlikon.

Baptistengemeinde Baden-Wettingen
Evangelische Freikirche
Neustrasse 57
5430 Wettingen
http://baptists.ch/

Baptistengemeinde Basel
St. Johanns-Ring 122
4056 Basel
https://basel.baptisten.ch/

Igreja Batista Brasileira em Basel
Evangelische Kirche
St. Johanns-Ring 122
4056 Basel
http://www.ibbb.ch/

Baptistengemeinde Bülach
Schaffhauserstrasse 10
8180 Bülach
https://baptistenbuelach.ch/

Chiesa Battista Lugano
Via Dufour 13
6900 Lugano
http://chiesabattistalugano.org/

Baptistengemeinde Schaffhausen
Kirche an der Hintersteig
Hintersteig 25
8200 Schaffhausen
https://schaffhausen.baptisten.ch/

Kirche Bild
Piccardstrasse 18
9015 St.Gallen
http://kirchebild.ch/

Baptistengemeinde Thalwil
Archstrasse 4
8800 Thalwil
https://thalwil.baptisten.ch/

Baptistengemeinde Zürich
Evangelische Freikirche
Steinwiesstrasse 34
8032 Zürich
http://zuerich.baptisten.ch/

Igreja Batista de Zürich
Brasilianische Baptistengemeinde Zürich
Steinwiesstrasse 34
8032 Zürich
https://www.batistadezurich.ch/

International Baptist Church of Zurich
Gheistrasse 33
8803 Rüschlikon
https://www.ibcz.ch/

Bund Schweizer Baptistengemeinden
Fritz Baltensperger
Schorenstrasse
8181 Höri
https://baptisten.ch/