Die Mennoniten werden oft als die älteste protestantische Freikirche bezeichnet. Die Mennoniten sind aus den Täufern der Reformationszeit herausgewachsen. Nach turbulenten Entwicklungen um Endzeitpropheten und den von Täuferpredigern geleiteten Umsturz in Münster samt Versuch der Errichtung des Tausendjährigen Reichs 1534/35, ordnete der ehemalige katholische Priester Menno Simons (1496–1561) die Täuferbewegung neu und wies sie in einen unpolitischen, pazifistischen Weg. Nach ihm benennen sich die Mennoniten.

Menno Simons stammte aus Witmarsum in den Niederlanden. Er wurde 1524 zum Priester geweiht und war, so wie er es selbst niederschrieb, mehr interessiert mit Kartenspielen und Trinken. 1531 jedoch erschütterte ihn die Enthauptung eines Täufers, Sicke Frerichs, tief. Dieses Martyrium liess ihn nach Belegen für die Kindstaufe in der Bibel suchen. Diese fand er nicht. Im Jahr 1536 liess er sich schliesslich von Obbe Philips taufen und verliess die Kirche. Für seine weitere Arbeit wählte er das Bekenntnis von Paulus: «Einen anderen Grund kann niemand legen als den, der gelegt ist: Jesus Christus» (1 Kor 3,11). Menno Simons konnte sich durch ständige Ortswechsel der drohenden Verhaftung entziehen und starb 1961 in einer früheren Siedlung namens Wüstenfelde in Deutschland.

Menno Simons übernahm von Melchior Hoffman, einem «Propheten» der Täuferbewegung und Reformator in den Niederlanden, einige Lehren. Melchior Hoffman lehrte vom «himmlischen Fleische Christi», das meint, dass Christus bei der Menschenwerdung durch Maria hindurchgegangen sei, wie Wasser durch einen Hahn, und deshalb keine Sünde habe. Christus sei das «pur ewig wort on alle vermischung». Diese Lehre und die über den «apostolischen Sendboten» als Führer der Gemeinden trugen zur Ausbildung einer eher autoritären Gemeindestruktur bei, unter der Mennoniten noch lange gelitten haben. Denn wenn Christus, nach Melchior, also keine menschliche Sünde hatte, dann musste die Gemeinde, die ja Braut Christi war, ebenso sündlos sein und sich rein halten. So ging es in den Gemeinden in erster Linie nicht um die Vergebung der Sünden, sondern um die Reinerhaltung der Gemeinde. Dies wurde bewirkt indem man Sünder einfach verbannte. Diese mussten dann auch von der Gemeinde gemieden werden. Des Weiteren betont Menno, wie die meisten Täufer, dass man als in Christus wiedergeboren nicht in den Krieg ziehe und Kinder des Friedens sei.

Durch die autoritäre Struktur, die sich durch die Lehren von Melchior in den Gemeinden herausgebildet haben, war die Gemeinde von Anfang an vielen Spannungen ausgesetzt. Dabei gab es unter den Melchioriten revolutionäre und friedfertige Gruppen. Im Verlauf des nächsten Jahrhunderts gab es in Folge von theologischen und strukturellen Fragen und Auseinandersetzungen immer wieder Abspaltungen und neue Gruppierungen. Es dauerte lange bis die niederländischen Mennoniten das melchioritische Sondergut überwunden hatten. Im Verlauf des Dreissigjährigen Krieges wurde die Täuferbewegung im Süden schwächer. Im Berner Emmental und auf den Höhen des Juras überlebten einige Gemeinden. Die heutigen Mennoniten im Elsass und Süddeutschland sind vor allem Nachkommen der Schweizer Einwanderer.

Die Gemeinden in der Schweiz waren bis ins 19. Jahrhundert hinein der Verfolgung durch die eidgenössischen Stände ausgesetzt, was zu Fluchtbewegungen führte. Aus Mennonitengemeinden, die aus dem Bernischen ins Elsass flohen, haben sich die «Amish» entwickelt.

Im Jahr 1797 stellte die «helvetische» Verfassung von 1798 die Taufgesinnten ihren Mitbürgern formal gleich: «Jede Art von Gottesdienst ist erlaubt.» Dabei wurde praktisch nur geweihten Pfarrer erlaubt Gottesdienste durchzuführen. Die Mennoniten lebten zurückgezogen im Emmental und im Jura. Die meisten waren Bauern und ein kleiner Teil Handwerker. Viele wanderten bis in die zweite Jahrhunderthälfte des 19. Jahrhunderts in die USA aus. Zu den Gründen gehörte auch die Wehrpflicht in der Schweiz. Mit der revidierten Verfassung 1874 wurde das Zivilstandesregister von Pfarrer auch auf Zivilbeamten übertragen. Damit war die Verfassungsgleichheit auch praktisch hergestellt. Ab der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts verbesserten sich die Lebensbedingungen für die Mennoniten. Die Auswanderungen hörten langsam auf und die Wehrpflicht wurde akzeptiert. Es wurden die ersten festen Versammlungshäuser und Schulen gebaut, da sie ihre Gottesdienste nicht mehr im Verborgenen halten mussten.

Seit dem 19. Jahrhundert treffen sich die Mennonitengemeinden in der Schweiz zum gegenseitigen Austausch, woraus sich die Konferenz der Mennoniten der Schweiz KMS entwickelt hat.

Im Jahr 1925 wurde in Basel die Mennonitische Weltkonferenz MWK (Mennonite World Conference) begründet.

Die Entwicklung der Mennoniten in der Schweiz war in den letzten 30 Jahren leicht rückläufig. Während sich im Jahr 1990 noch 14 Gemeinden mit insgesamt 2’700 Mitgliedern zur Konferenz der Mennoniten in der Schweiz gerechnet haben, sind es heute noch 13 Gemeinden mit zusammen 2’300 Mitgliedern.

Die Mennonitengemeinden halten sich bei allen bereits angedeuteten Unterschieden an die Heilige Schrift. Wichtig sind ihnen der Glaube an Christus, die Rechtfertigung allein aus Glauben und die Nachfolge Jesu Christi. Sie lehnen den Eid ab.

In der Schweiz wird die grundsätzliche Betonung der Wehrlosigkeit bei gleichzeitiger Bejahung des Zivildienstes unterschiedlich betont. Die Konferenz zählt sich zu den historischen Friedenskirchen und fördert die aktive Teilnahme an gewaltfreien friedensfördernden Initiativen.

Die Mennoniten sind in selbständigen, vom Staat unabhängigen Einzelgemeinden organisiert, die sich am Bild der neutestamentlichen Gemeinde orientieren. Viele üben Kirchenzucht. Die Gemeindeleitung liegt (in der Regel) in den Händen von Ältesten, Predigern und Diakonen.

Die Mennoniten-Gemeinden in der Schweiz sind in der Konferenz der Mennoniten der Schweiz KMS organisiert.

Die Konferenz der Mennoniten der Schweiz ist Mitglied des Dachverbands Freikirchen.ch.

Mennonitengemeinde Basel-Holee
Holeestrasse 141
4054 Basel
http://www.mennoniten-basel.ch/

Evangelische Mennoniten-Gemeinde (Alttäufer) Bern
Schosshaldenstrasse 43
3006 Bern
https://www.mennoniten-bern.ch/

Mennonitengemeinde Brügg
Poststrasse 3a
2555 Brügg
http://www.bruegg-menno.ch/

Eglise évangélique mennonite de Courgenay
Le Borbet 38
2950 Courgenay
https://www.menno-courgenay.ch/

Alttäufergemeinde Emmental
http://emmental.menno.ch/

Standort Langnau:
Kehrstrasse 12
3550 Langnau

Standort Bowil:
Aebnit
3533 Bowil

Communauté anabaptiste (Mennonite) La Chaux-d’Abel
La Chapelle
2333 La Chaux-d’Abel
http://chaux-dabel.ch/

Église mennonite évangélique des Bulles
Les Bulles 17
2300 La Chaux-de-Fonds
http://www.mennobulles.ch/

Evangelische Mennonitengemeinde Kleintal
Église Évangélique Mennonite du Petit-Val
https://mennopetitval.com/

Standort Moutier:
Rue Neuve 33
2740 Moutier

Standort Moron:
Hameau de Moron
2712 Le Fuet

Standort Les Ecorcheresses
Le Perceux 25
2748 Les Ecorcheresses

Evangelische Mennonitengemeinde Schänzli
Pestalozzistrasse 4
4132 Muttenz
https://www.menno-schaenzli.ch/

Evangelische Mennonitengemeinde Sonnenberg
Eglise Evangélique Mennonite du Sonnenberg
https://www.menno-sonnenberg.ch/

Standort Tramelan:
Rue des Prés 21
2720 Tramelan

Standort Les Mottes:
Les Mottes
2362 Montfaucon

Standort Le Jean Guy
Le Jean Guy
2720 La Tanne

Église évangélique mennonite EEMT
Chemin de Belfond 37
2710 Tavannes
https://www.eemt.ch/

Église Évangélique Mennonite de la Vallée de Delémont
Fenatte 2
2854 Bassecourt

Église Évangélique Mennonite du Vallon de Saint-Imier
Route Principale 19
2612 Cormoret
http://www.eemvs.ch/

Weltweit wurden im Jahr 2009 insgesamt 1,6 Millionen Mennonitinnen und Mennoniten in 82 Ländern gezählt.

Die Konferenz der Mennoniten in der Schweiz umfasst zurzeit 13 Gemeinden mit ca. 2’300 Mitgliedern.

Konferenz der Mennoniten der Schweiz
Worbstrasse 220B
3073 Gümligen
https://www.menno.ch/